Fue fundado a inicios del año 2004, por la Universidad de San Martín de Porres y fue el primer club del Perú que se organizó como una Sociedad Anónima.4 Ascendió a la Primera División del Perú al adquirir la categoría al club Sport Coopsol, que había campeonado en la Segunda División Peruana.5 Pese a sus cortos años de vida institucional, la San Martín cuenta con tres títulos nacionales (2007, 2008 y 2010). Además de seis participaciones en torneos internacionales: 3 en Copa Libertadores (2008, 2009 y 2011) y 3 en Copa Sudamericana (2006, 2010 y 2012).

Campeón 2007

El domingo 27 de mayo de 2007, el equipo ‘santo’ se consagró campeón del Torneo Apertura al vencer por 2-1 a Cienciano en Cuzco.se consagró campeón del Torneo Apertura venciendo 2-1 a Cienciano en el Estadio Inca Garcilaso de la Vega en Cusco. Posteriormente, el domingo 16 de diciembre consiguió el título nacional sin disputar los Play Offs. Cabe destacar que el equipo de Santa Anita estuvo dirigido por el profesor Víctor Rivera.

Campeón 2008 - Bicampeonato

Tras un exitoso año 2007 la San Martín se propuso a continuar en la senda del triunfo. Con Víctor Rivera a la cabeza, los ‘santos’ alcanzaron la corona del Torneo Clausura (2008), título que permitió repetir la hazaña y coronarse bicampeones del fútbol peruano.

Campeón 2008 - Bicampeonato

Tras un exitoso año 2007 la San Martín se propuso a continuar en la senda del triunfo. Con Víctor Rivera a la cabeza, los ‘santos’ alcanzaron la corona del Torneo Clausura (2008), título que permitió repetir la hazaña y coronarse bicampeones del fútbol peruano.

Campeón 2010

A inicios del 2010, la San Martín apostó por el proyecto del profesor Aníbal “Maño” Ruiz. Técnico de cartel tras haber clasificado y dirigido a la Selección de Paraguay en el Mundial Alemania 2006. Además de su paso por el fútbol uruguayo, mexicano, colombiano, entre otros.
Con el entrenador uruguayo en la dirección técnica, la San Martín volvió a coronarse campeón nacional 2010 tras derrotar en la final al León de Huánuco, empatando en Huánuco 1-1 con gol de Germán Alemanno y venciendo por 2-1 en Lima con goles de Pedro García (goleador histórico) y Pablo Vitti.
Alcanzar tres títulos nacionales en seis años de vida sustenta el buen trabajo de la institución en lo dirigencial, administrativo y sobre todo en lo deportivo.

Triunfo histórico ante River Plate

En su participación en la Copa Libertadores 2008, el cuadro de Santa Anita enfrentó a River Plate; realizando un partido que quedará en la memoria de los hinchas y seguidores por el desenlace de este. Roberto Ovelar se hizo presente en el marcador abriendo la cuenta (1-0). Casi al final del partido, en los descuentos, José Luis Díaz marcó el segundo tras una gran jugada individual; recuperó el baló en tres cuartos de campo y sorteó rivales hasta llegar al área rival definiendo cruzado ante la salida del portero Carrizo (2-0). Un gol extraordinario que quedará registrado en la historia del club.

Jugadores de selección

Una de las prioridades del Club San Martín es la formación de jugadores con la consigna de aportar al desarrollo del fútbol peruano. Y un claro ejemplo es la clasificación y participación de la selección peruana en el Mundial Rusia 2018. Entre los jugadores que consiguieron este importante logro están: Pedro Gallese y Chritian Cueva.

Ambos se iniciaron su carrera futbolística en las divisiones formativas del club ‘’santo’.

Pedro Gallese

Hizo su formación deportiva en las divisiones menores en la Universidad San Martín de Porres, donde fue promovido al plantel profesional para la temporada 2007. Debutó en la máxima categoría el 25 de junio de 2008 en la victoria por 4-0 ante el Atlético Minero, ese mismo año se coronó como campeón nacional compartiendo el puesto con Ricardo Farro y Leao Butrón. En el 2009 fue cedido a este equipo y el 2010 retornó a San Martín donde fue campeón nacional del Campeonato Descentralizado 2010 atajando 2 partidos. Clasificó y jugó la Copa Sudamericana 2012.

Christian Cueva

Nació en la ciudad costeña de Trujillo, capital de la región de La Libertad al norte del Perú. Cuando tenía dos años de edad, su familia se trasladó a Huamachuco, una pequeña ciudad de la sierra liberteña de donde son originarios sus padres. Un 16 de agosto de 2007, el club limeño Universidad de San Martín sub-20 llegó a Huamachucho para jugar un partido amistoso con la selección de dicha ciudad. Esa tarde, Cueva jugó por ambos equipos y anotó 4 goles, tres con su selección y otro con San Martín; tras ello, el club decidió trasladarlo a su complejo deportivo en Santa Anita, Lima. Tras el proceso de adaptación a una nueva vida en la capital, Cueva demostró ser pieza clave en la Universidad de San Martín.

Su primer gol en el torneo profesional se lo anotó a Universidad César Vallejo, el 16 de julio de 2008. Ese año fue campeón nacional clasificando y jugando la Copa Libertadores 2009.

Con Universidad de San Martín disputó 3 encuentros en la Copa Sudamericana 2010, ese mismo año fue elegido como uno de los mejores mediocentros ofensivos del Campeonato junto a su compañero Pablo Vitti. En total ha jugado 121 partidos en la Primera División, anotando 20 goles.

Entrenadores

Juan Carlos Oblitas (Per – 2004)
Óscar Malbernat (Arg – 2004)
Víctor Rivera (Per – 2005, 2006, 2007 y 2008)
Juan Antonio Pizzi (Arg – 2006)
Gustavo Matosas (Uru – 2009)
Aníbal Ruiz (Uru – 2010 y 2013)
Franco Navarro (Per – 2011)
Ángel Cappa (Arg – 2012)
Julio César Uribe (Per - 2014)
Cristian Díaz (Arg – 2015)
José Guillermo Del Solar (Per – 2016)
Orlando Lavalle Zamora (Per – 2017)
Carlos Bustos (Arg – 2018 hasta la actualidad)

TORNEOS DE RESERVA

La San Martín ganó salió campeón en dos ediciones del Torneo de Reservas. El primer título lo ganó en el 2013 con la dirección del profesor Orlando Lavalle Zamora.

En el 2015, el cuadro ‘albo’ volvió a coronarse campeón del torneo con una destacada actuación del jugador Raziel García. De la mano del entrenador José Espinoza Valeriani, los ‘santos’ consiguieron su segundo título de la competencia.